El 1 de mayo del año 2004 República Checa entra como miembro pleno en el bloque de la Unión Europea, por lo que automáticamente se adhiere al Acuerdo de Asociación entre Chile y la UE con todo sus derechos y obligaciones que éste conlleva.

Otros acuerdos:

• Educación: Acuerdo de cooperación entre el Gobierno de la República de Chile y el Gobierno de la República Checa relativo a la colaboración en las áreas de la cultura, la educación, la ciencia y otras materias", firmado el 22 de abril de 1994.
• Acuerdo sobre la Promoción y Protección de Inversiones, firmado durante la visita del Ministro de Exteriores chileno en Praga el 24 de abril de 1995, entró en vigor el 2 de diciembre de 1996.
• Convenio de lucha contra el terrorismo, el narcotráfico y la delincuencia organizada. El texto fue firmado el 23 de septiembre de 1996, durante la visita de Presidente Havel a Chile, y entró en vigencia el 27 de octubre de 1999.
• Convenio de Seguridad Social entre Chile y la República Checa. firmado en Santiago el 7 de diciembre de 2000. Promulgado el 11 de noviembre 2003.
• Acuerdo de Cooperación entre la Agencia de Promoción de Exportaciones CzechTrade y ProChile, firmado el 8 de julio de 2004 en Santiago de Chile.
• Convenio de entendimiento y cooperación entre Czech Invest y el Comité de Inversiones Extranjeras, firmado el 7 de abril de 2008 en Santiago de Chile en el marco de la visita de trabajo del Ministro de Industria y Comercio de la República Checa M. Říman en Chile.
• Acuerdo de Cooperación entre la Asociación de Industria y Transporte de la República Checa y la Sociedad de Fomento Fabril (SOFOFA), firmado el 7 de abril de 2008 en Santiago de Chile en el marco de la visita de trabajo del Ministro de Industria y Comercio de la República Checa en Chile.
• Acuerdo en Materia de Cooperación Antártica, firmado por los Ministros de Relaciones Exteriores el 14 de mayo de 2009 durante la Cumbre UE – Grupo Río en Praga.
• Turismo: En abril del 2011, se suscribió un Acuerdo de Turismo que establece que ambos países desarrollarán relaciones bilaterales en el ámbito del turismo, con el objeto de adquirir información y mejorar el conocimiento mutuo, compartiendo las normas que regulan el turismo en ambos países. Además de desarrollar y fomentar el desarrollo del turismo, organizarán intercambio de expertos en la materia con el fin de fortalecer su potencial, y por último se comprometen a fomentar la capacitación profesional y preparación de recursos humanos dedicados a actividades relacionadas con el turismo.
• Visas de Vacaciones y trabajo: firmado durante la visita a Praga del Subsecretario Edgardo Riveros y el Ministro de RR.EE. de República Checa Lubomír Zaoralek, en 2015. El acuerdo entró en vigor en Noviembre de 2016.
• Acuerdo para Evitar la Doble Tributación: firmado por el embajador de la Republica Checa en Chile Joseph Richtard y el Ministro de Hacienda Rodrigo Valdés en diciembre de 2015. El acuerdo entró en vigencia en diciembre de 2016.